Autoridades civiles y militares de la ciudad, acompañados por representantes de FCC y del estudio de arquitectura BSA,  encargado del diseño de este proyecto,  fueron los encargados de presentar  el resultado de unos trabajos que comenzaron en mayo de 2015 y que han supuesto una inversión aproximada de 1,5 millones de euros.

La nueva cubierta se materializa en un gran plano plegado que alude a la tipología eclesiástica de tres naves que originalmente existieron. A este plano plegado se le suman otros dos planos horizontales que cubren la zona del ábside y la zona noroeste. Esta estructura, construida  a través de perfiles de acero laminado, se presenta oculta hacia el exterior, cubierta por vidrio laminado translucido mate y hacia el interior con un falso techo de lamas de madera.

Con esta nueva cubierta para el Monasterio de San Juan, además de garantizar la consolidación y protección de los restos arquitectónicos, la ciudad de Burgos dispondrá de un nuevo espacio polivalente de aproximadamente 1.300 metros cuadrados.